中文著作：
2025年，《吴文藻传—从社会学中国化到重建中国社会学》，北京大学出版社；
2022年，《从灵魂到心理：关于经典精神分析的社会学研究》，独立作者， 1月出版，生活·读书·新知三联书店，专著
2018，孙飞宇 著，《方法论与生活世界》，北京：三联出版社；
2016，孙飞宇 编著，《理念主义与现实改造：一项关于社会公益组织的个案研究与反思》，北京：社会科学文献出版社。
中文论文及书评：
2024，孙飞宇，《社会心态的现代性色彩——以关于〈金翼〉的三个问题为例》，《浙江工商大学学报》第06期；
2024，孙菲、姜利标、陈涛、迟帅、李钧鹏、刘拥华、孙飞宇、王建民、王赟、张巍卓、郑作彧，《“如何做社会理论研究”圆桌研讨纪要》，《学术评论》第02期；
2024，孙飞宇、张雨欣，《乡村社会主体性的双重结构及其动力机制——以一个环保公益组织的实践为例》，《社会学研究》第1期；
2023，渠敬东、孙飞宇，《“面向人本身”——社会理论的再认识》，《北大社会学刊》2023年6月；
2023，孙飞宇，《“无家可归”的孤儿与作为天职的科学韦伯科学观中的精神气质问题》，《社会》，第03期第43卷；《中国社会科学文摘》第10期转载；
2023，孙飞宇，《社会学对通识教育的承诺：米尔斯 <社会学的想象力>中的三个面向》，《中国社会科学院大学学报》，第二期；《人大报刊复印资料-社会学》2023年第7期转载；
2022，孙飞宇，《从西学研究到文明比较：苏国勋先生社会理论转向的内在理路》，《社会理论学报》，春季版；
2021，孙飞宇，《一个自由学习的共同体——北京大学元培学院的本科教学改革实践》，《光明日报》9月7日13版《教育周刊》；
2021，孙飞宇，《自恋与现代性:作为一个起点的“冯小青研究”》，《社会学评论》第2期；
2021，孙飞宇，《作为“位育”的通识教育：潘光旦的本土化视角》，《北京大学教育评论》第1期；
2020，孙飞宇、周文杰，《以书院为中心的通识教育—北京论坛第13分论坛会议综述》，《通识教育评论》第7期；
2020，孙飞宇，《奥尼尔的醉与爱——读<灵魂的家庭经济学>》，《社会理论辑刊》第2期；
2020，孙飞宇，《化孤独为共同：北京大学元培学院的通识教育及书院制探索》，《信睿周报》第35期；
2020，孙飞宇、牟思浩，《处境与实践视角下的社会事实———梅洛－庞蒂的存在主义马克思主义对于社会科学方法论的意义》，《社会学研究》第2期；
2018，孙飞宇，《个体的自我保存与社会学的现代道德人格属性:<自杀论>中的双重结构》，《社会》第6期；《人大复印报刊资料》2019年第3期全文转载；《中国社会科学文摘》2019年第3期转载；
2018，孙飞宇，《教育职业化趋势中的传统与传承：一项关于北京大学社会学的个案研究》，《北大教育评论》第2期；
2018，孙飞宇，《社会科学的质性研究与意义的发现》，《公共管理评论》第3期；
2018，英文版：Sun, Feiyu, Chinese Sociology: “Chinese Learning” or “Western Learning”, Contemporary Social Sciences, Serial No.12.
2017，孙飞宇，《爱欲与神圣：弗洛伊德思想中的单性繁殖原则初探》，《学海》第5期；
2017，孙飞宇，《中国社会学的“中”与“西”》，《北京大学学报》第4期；《高等学校文科学术文摘》2017年第5期转载；《新华文摘》2017年第22期全文转载；《人大复印报刊资料》2017年第11期全文转载；
2017，孙飞宇，《从灵魂到心理——关于精神分析理性化的知识社会学研究》，《社会学研究》第4期；
2017，孙飞宇，《从社会变迁到社会平衡：费孝通在“江村调查”之前的思想梳理》，《社会学评论》第1期；
2017，孙飞宇，《弗洛伊德的案例剧场：忏悔者与生活世界（下）》，《社会》第2期；
2017，孙飞宇，《现代忏悔的发生学: 忏悔者与生活世界（上）》，《社会》第1期；
2017，孙飞宇，《舒茨的生活世界理论及其进一步发展浅析》，《学术交流》第1期；《中国社会科学文摘》2017年第5期选摘；
2017，李勰、孙飞宇，《从草根工业到项目制：对村庄公共品提供传统的回归——兼论村庄治理的物质基础》，《学术论坛》第1期；
2016，杨善华、郭金华、孙飞宇等，《城乡养老制度顶层设计建议》，《改革内参》第12期；
2016，孙飞宇，《约翰•奥尼尔及其“野性社会学”》，《山东社会科学》第5期；《社会科学文摘》2016年第7期转载；《人大复印报刊资料》2016年第9期全文转载；
2016，孙飞宇、杨善华、张雨晴，《镶嵌式公益扶贫模式与反思——对K基金会扶贫模式的个案研究》， 《学术论坛》第2期；
2016，孙飞宇、储卉娟、张闫龙，《生产“社会”，还是社会的自我生产？—关于一个NGO扶贫困境的个案研究》，《社会》第1期；
2018，英文版：Sun, Feiyu，Chu, Huijuan，Zhang, Yanlong， Producing Society or the self-Producing of Society? A Study of an NGO's difficult Situation on Poverty Reduction, Chinese Journal of Sociology, 2018, Vol. 4.
2015，杨善华、孙飞宇，《“社会底蕴”：田野经验与思考》，《社会》第1期;《红旗文摘》2015年第4期摘登了其中的三、四、五、六四个部分约5200字；《新华文摘》2015年第12期摘登了该文的主要内容。
2013，孙飞宇，《方法论与生活世界—舒茨主体间性理论再讨论》， 《社会》第1期；
2012，孙飞宇，《精神分析百年及其反思》，《中国社会工作研究》第九辑；
2012，孙飞宇，《论社会官能征——现代性与微观的爱之政治社会学片论》，《社会学研究》第6期；
2012，孙飞宇，《经验与经验的现象学社会学化 读哈维·弗格森的<现象学社会学>》，《社会》第5期；《中国社会科学文摘》2013年第3期以“哈维·弗格森的《现象学社会学》” 的题目转载；
2012，孙飞宇，《流亡者与他的双重世界—舒茨的<社会世界的现象学>》的背景及其生活世界的三重意义》，《启真》第2期；
2012，孙飞宇，《人口与社会——读马尔萨斯<人口原理>》 ，《启真》第1期；
2011，孙飞宇，《流亡者与生活世界》，《社会学研究》第5期；本文部分内容被《中国社会科学文摘》第1期以“《陌生人》与《返乡者》——舒茨对生活世界的诠释”为题转载；
2009，孙飞宇，《作为一种社会官能征的贫民区—读素德·文卡特斯<黑帮老大的一天>》 ，《社会学研究》第2期；
2007，孙飞宇，《对苦难的社会学解读：开始，而不是终结—读赖•威尔金森<苦难：一种社会学的引介>》，《社会学研究》第4期；本文被《中国社会科学文摘》2007年第六期摘录；
2005，杨善华，孙飞宇，《作为意义探究的深度访谈》， 《社会学研究》第5期；本文被《人大报刊复印资料》等刊物摘录 ；
2005，孙飞宇，《论舒茨的主体间性理论：下》，《社会理论学报》第9期；
2004，孙飞宇，《论舒茨的主体间性理论：上》，《社会理论学报》第8期；
2003，孙飞宇，《在舒茨的常态社会世界之前—以米兰•昆德拉的“可能性”为关照》，《北京大学研究生学志》第2-3期；
中文译著：
2024，李展开、孙飞宇译，孙飞宇校《摩西与一神教》，生活·读书·新知三联书店；
2016，孙飞宇 译，《灵魂的家庭经济学》，约翰•奥尼尔 著，浙江大学出版社；
2015，孙飞宇 译，《城中城：一个社会学家的街头发现》，世纪文景/上海人民出版社；
2009，孙飞宇 译，《黑帮老大的一天》，[美] 萨德海尔•文卡特什 著，上海：上海人民出版社；
2004，孙飞宇，张美川 合译，《海洋自由论》，[荷]格劳修斯 著，上海：三联出版社；
2003，孙飞宇，田耕 合译，《道德哲学原理》，[英]亚当•弗格森 著，上海：上海人民出版社。
英文：
2023，"From Social Equilibrium to Self-Production of Society: The Transition of China’s Sociological Recognition on China’s Society"，in Handbook of Post-Western Sociology: From East Asia to Europe edited by Laurence Roulleau-Berger (CNRS/ENS de Lyon)，P429-446.
2020，Sun, Feiyu. "Self-preservation and sociology’s modern moral personality:Dual structure in Durkheim’s Suicide." Chinese Journal of Sociology.2020, Vol. 6(3) 427–456;
2012，Sun, Feiyu. "Social Suffering and Political Confession: Suku in Modern China." Singapore: World Scientific Publishing Company;
2012，Sun, Feiyu. "Territorial Transformation of Chinese Identity: A Sociological Analysis in terms of Time and Space."collected in Territories of Social Responsibility: Opening the Research and Policy Agenda. Ed. Patricia Ashly and David Crowther. Surrey: Gower Publishing Limited.